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Cómo instalar los paquetes R usando devtools en Ubuntu 18.04

marzo 4, 2020

 

Introducción

Un lenguaje de programación de código abierto populares, R especializa en computación y gráficos estadísticos. Es ampliamente utilizado para el desarrollo de software estadístico y la realización de análisis de datos. La comunidad de I es conocida por la adición continua de paquetes generados por el usuario para áreas específicas de estudio, lo que hace que sea aplicable a muchos campos.

En este tutorial, vamos a repasar cómo instalar devtools y lo utilizan para instalar un paquete de R directamente desde GitHub.

Requisitos previos

Para continuar con este tutorial, necesitará un servidor de Ubuntu 18.04 con:

  • al menos 1 GB de RAM
  • instalado un usuario no root con privilegios sudo
  • R, obtenido siguiendo el paso 1 de esta guía de instalación R

Una vez que estos requisitos están en su lugar, ya está listo para comenzar.

Paso 1 – Instalación de Sistema de Dependencias para devtools

Nos va a instalar devtools desde el intérprete de comandos interactivo, pero antes de hacerlo, tendremos que instalar estas dependencias del sistema:

sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

  • sudo apt instalar libcurl4- build-essential gnutls libxml2-dev-dev libssl-dev

con estas dependencias en su lugar, estamos listos para continuar.

Paso 2 – Instalación de los devtools paquete

A través devtools vamos a ser capaces de instalar y construir paquetes directamente desde GitHub, BitBucket, archivos locales, e instalar las versiones específicas de CRAN. Para hacer Devtools todo el sistema disponible, vamos a entrar en el caparazón de R como root:

sudo -i R

  • sudo -i R

Desde dentro del monitor, usaremos los install.packages () para instalar devtools del funcionario amplia red Archivo R (CRAN).

install.packages('devtools')

  • install.packages ( ” devtools) Instalación

puede tomar un tiempo. Cuando esté terminado, cerca del final de la salida de la instalación, hay que ver:

Output...
** testing if installed package can be loaded
* DONE (devtools)

A continuación, vamos a poner a prueba a medida que traer y construimos un proyecto directamente desde GitHub.

Paso 3 – Instalación de un paquete de R GitHub

En este paso, vamos a instalar la última versión de desarrollo de Brillante, un framework de aplicaciones web para R, directamente desde GitHub. Haremos esto usando la función install_github proporcionada por devtools. Un paquete de GitHub es definida por su autor (rstudio) y su nombre (brillante), que se puede encontrar desde la URL GitHub de la página principal del proyecto: https://github.com/rstudio/shiny.

Utilice el siguiente comando para instalar:

devtools::install_github('rstudio/shiny')

  • devtools :: install_github ( ‘rstudio / brillante’) Instalación

ha completado con éxito cuando vemos las siguientes líneas cerca del final de la salida y se devuelven a la pronta R :

Output. . .
** testing if installed package can be loaded
* DONE (shiny)
>

podemos ver la versión específica de brillante hemos instalado con el siguiente comando:

packageVersion("shiny")

  • PackageVersion ( “brillante”)

Output[1] ‘1.1.0.9000’

en el siguiente paso, vamos a echar un vistazo rápido a brillante. Vamos a tener que hacer un par de tareas a nivel de sistema en primer lugar, por lo que vamos a salir del monitor, con el siguiente comando o usando CTRL-D .:

q()

  • q ()

Cualquiera de ellas le pedirá para guardar la imagen del espacio de trabajo, el entorno de trabajo de R que incluye objetos definidos por el usuario. Esto no es necesario para nuestros propósitos, para que pueda entrar con seguridad n.

Dado que va a utilizar un navegador web para ver un ejemplo de lo que puede hacer brillante, vamos a asegurarnos de que se permite el tráfico de Internet.

Compruebe el Firewall

Brillante es un framework de aplicaciones web, por lo que con el fin de ver sus ejemplos en un navegador, tendremos que garantizar que se permite el tráfico de Internet en nuestro servidor de seguridad. El built-in del servidor web elige al azar un puerto cada vez que se inicia a menos que lo iniciamos con un valor específico. Con el fin de hacer más fácil la gestión de cortafuegos, vamos a especificar el puerto 4040 cuando corremos nuestro ejemplo. cheque de

Let el estado del servidor de seguridad, si lo tenemos activado:

sudo ufw status

  • sudo UFW estado

Si has seguido nuestros tutoriales previos, sólo se permite SSH, como se indica en la siguiente salida:

OutputStatus: active

To Action From
-- ------ ----
OpenSSH ALLOW Anywhere
OpenSSH (v6) ALLOW Anywhere (v6)

Usted puede tener otras reglas en el lugar o no hay reglas de firewall en absoluto. Dado que sólo se permite el tráfico SSH en este caso, vamos a añadir el puerto 4040 y comprobar el estado cuando hayamos terminado.

sudo ufw allow 4040cp
sudo ufw status

  • sudo permiten UFW 4040 / tcp
  • sudo UFW estado

OutputStatus: active

To Action From
-- ------ ----
OpenSSH ALLOW Anywhere
4040cp ALLOW Anywhere
OpenSSH (v6) ALLOW Anywhere (v6)
4040cp (v6) ALLOW Anywhere (v6)

Con el cortafuegos configurado, estamos listos para echar un vistazo a brillante.

Run Brillante:

Vamos a conectar a R, esta vez como un usuario normal. Asegúrese de escribir R como caso de título.

R

  • R

A continuación, vamos a cargar el paquete de Brillante: Biblioteca

library("shiny")

  • ( “brillante”)

Brillante incluye once incorporado en los ejemplos que demuestran cómo funciona. Vamos a cargar la biblioteca, a continuación, ejecutar el primer ejemplo. Debido a que estamos trabajando en un servidor remoto, especificaremos la dirección de host para navegar de nuestra máquina local. También vamos a establecer launch.browser a FALSO para que no se trate de lanzar un navegador en el servidor remoto.

runExample("01_hello", host = "203.0.113.0", port = 4040, launch.browser= FALSE)

  • runExample ( “01_hello”, host = “203.0.113.0”, puerto = 4040, launch.browser = FALSO) la visita de

OutputListening on http://203.0.113.0:4040

Let este URL en un navegador web:

Instalamos brillante a ilustrar usando devtools para instalar directamente desde un repositorio GitHub. Entonces nos encontramos con el ejemplo de aplicación brillante y sin privilegios elevados para verificar que todos los usuarios tengan acceso al paquete.

volver a instalar la versión estable de Brillante

Para una situación de producción, que sería instalar desde CRAN a menos que tuviéramos una razón de peso para instalar desde el repositorio. La toma del

Let un momento para volver al paquete estable. En primer lugar, vamos a interrumpir el servidor con CTRL + C, y luego salir del intérprete de I + D con CTRL y volver a entrar como root:

sudo -i R

  • sudo -i R

posibilidad de instalar la versión estable con el siguiente de comandos, que se sobreponen a la instalación de GitHub que hemos completado en el paso anterior.

install.packages("shiny")

  • install.packages ( “brillante”) de

Let verificar el cambio en la versión:

packageVersion("shiny")

  • PackageVersion ( “brillante”)

Output[1] ‘1.1.0’

La salida indica que en lugar de 1.1.0.9000, la versión instalamos desde GitHub, ahora estamos corriendo la versión estable.

Nota: También podemos encontrar más información sobre la versión de un paquete desde la línea de comandos del sistema desde su archivo de descripción.

cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION

  • cat / usr / local / lib / R / biblioteca-site / brillante / DESCRIPCIÓN

Conclusión

En este tutorial, hemos instalado el último paquete Brillante directamente desde GitHub y aprendió cómo volver a instalar su versión estable de CRAN.

Si usted está interesado en aprender más sobre sí misma brillante, se puede echar un vistazo a tutorial brillante de rstudio. Usted también podría estar interesado en la instalación de la fuente abierta rstudio servidor, una interfaz para una versión de R se ejecuta en un servidor remoto Linux, que trae un IDE a una implementación basada en servidor.